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COG category: Intracellular trafficking and secretion
Genomic element: pHCM1

Number of genes found: 5

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# Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18, CT18

>gid:896000  HCM1.21c  hypothetical protein
ATGCAGATTAATAAAGTTATGTCTTTACTTGATATTCTTACCAGCTGGCT
CGAAGACAATATTAATATGGAGTCTGACCTGTTTTTCGATAACGATGTAG
ACAATACCACCTCAGAGTCCCTGTATCCCGCTGTGGAAAAAGCTAACGCT
GTATTGAGCAAACTGGCGTCACTGTCGTCAGAGACGATTCAGGCGACGCG
TCAGCGTTTGCAGGACGCGGTAGAAGGCAAAGGGGAGGTTTCAACTGCTG
ACGTCAAAGAGTTGCTACTGGCCACCCGATATCTGATGCTGACTACGGAT
GGAGAATAA
>gid:896510  HCM1.262  putative membrane protein
ATGGATTACAACATCTATACAGTTGGCGATATTGAATTTGTGTGGTCCGC
CCTGAACGGGATTGCCCTGATTTTCTCACAATACACCGGTGTAAAAGCAT
TTCTAACGACGGCAGCGGTACTGGCTGGAGCCAGCCTGTTTTATAAAACG
TGGCTTTGGCTGTTGAACCCGACAAAAGCAGAAGTGCCGATATTTTCATG
GATTCTTGGGCTGATTCTATTTTCGATGGCAATTGTTCGTGTGGATGTGA
CGATTGAATCAGTTAAGTCTGGTGAAGTGAGAAATGTCGATGGCATTCCT
ATTTTTATTGCGGCGATGGGAACTGTCACCACGAACCTTAGCCAGGGCTT
ACTCAAAGACTACAAAACGGCATTTGATCCACTGGCGCCGATCGACTTTG
CCGCAACGACGCTTGATGATGACATTACTCTTGGTCCGATGATTCGTTTC
GTTAAATTCTTACAATGGGGTGGTGACAGCCAGGGCTATTGTTCTGCGTT
TCCCGAACCAGCCAGCGGGTTAGGTGCGATGAATGTGTGCGCGACAGTAC
AATCACTGGCCTATAACTGTCTCAAGGGAACCCAAAACTCAAGCGCAAAA
ATTGCTGGGAAAGAAACCATTTTTAACGATATTTTCTCTGCAAATATCGT
GGATAGCATGGAACGCATTAATCAGGCGATGAAAGGTTCGCTGAAGAACG
CCTCTGCCAACATTGTCGGTGTGAATAGCTCAAAGTCTGCTACTTGTGAA
GAGGTCTGGTCGACCGTTAAACAGGTAACGAGCACCCCAGAGGCTCGGCA
GACGATTGCATTGATTGGGCAAACAAACGGTATCCTTGCTCCAGATGAGG
CGGGAGGTGCAGCATCAGGAGCGAGCTTCACGGATGTAATGGCGTCGGCG
AATGGCATGTACGGCAAAGCTATTGGTGCTTATGACGCGACGCTTAGTTT
GTTCATCATGAATGAACTCCGTAATGGTGCCAGCAAGTACAAAACCCCAC
TCGGGCTGGCCTCGGATATGCAGTTGTTTGAGGCATCATTAAAGCGTACG
AATACCATGGCATCTCAGGGGCAGCTCTGGCTGCAATTGTCCGGTGCAGC
CATCGCGTTTCTTGAGATGTTTGCGTACATGGTTGCCCCATTTGCATTGC
TCATGCTTTTGGCTCTCGGGGGAAATGGTGTGGCCGCTGCTGCAAAATAT
CTCCAGCTTATTCTTTTCGTAAATATGTGGCCTATTACTGCGGTTATGGT
GAATGCCTACGTGAAGAAAGTGGCGACCGCAGATCTTGATACATGGAGCA
CATTGAATAGTCAGAGTAACGCGGTGACATGGATGGGTTTGCCAGGGCTT
GCCGAAACATACAGCTCTTATTTATCAGTAGCATCAGCACTCTATGCTCT
TATCCCTGTATTGACGCTGTTCCTGATGACGCAATCCATTCATCCAATGA
TGAACGCGATGAAAGGAGTCACACCACCAGCGCCAGTGGACTCCAGCCAC
CTCACGCCGAAAGTGTGGGATGCGCCAAACAGCGGAAAATCATCGTTTGG
GGATGTGAATCGTACCGCGCTGACAAGCACCGGCCAAGGATTCAGTGGTG
GCGGGGCCATGGACTCCAGTAATTTCCGACTCGGTACGTGGAATGCCGGT
TCAAGTATCGCGTCAAGCCAGGGGCAAGGGGCAGCATTTACCTCTTCAGC
CATGAGCGCAGCAAGTAACACATTCCAGCAGGCCTTCAACCAGATGAGTG
AAGTTGGCCGAACGGGGCAATCAGGCCAGCAATTTACCTCCAACCTGCAA
AGCTTGAAATCATTTACTGACCAGGCCGGTGCAAACATCGCGAATAGCGT
AGGGGCGAAGCATGGAATTAATTCGCAGCAATTAGCTGGCGTGGTGTCAA
ATCTTCTGCTCAATGGCAGTTTGGGACTTGGTGGTGAAGAAAAACTTGGA
AAAGGAGGAGGAGGAGGTCTCGCTCAGAAAGTAATGGATAGCCTAGGAAT
AAAAGCGGAGGGGCAAGTTGGATCAGGGATCACGAAAAGTAATTCTGGGA
ATGAAAGTCTCTTAACTGATTTGAGTAAAGCTATTACGACTCAATTGACT
GAAAACTCAGGACTGACTGACCAAATGACTAAAGCGGCTGCTCAGATAAA
CAGTGATCAGTTTGCACAGACCAATGCATTCAAAGAAGCTGCAACAAAAA
TGAACCAGTCCACACAGACAATGGCCGAAAACTTGTCGACGTCACTTTCA
ACGAACGCCAGCGCCAATACTGGCATGACACTCGACTCAAGACAGGCTAT
CAACCTGGACAGATTCTCCGATTCTATCCGTAATAAAAACTTTAGCGATG
AAGATGTGCGTAATTTTGCACGGAAAAATGGTCTTGATGAGAATGCCTTT
ATGGAGAAGTTCAATTCCTATAATGACACATTTAAGGCCAGCACTCAGTT
GGGTTCACAACTCCAACGTACAGATGCGCTGGTGGCAACGACACGTGACT
TTAGTGAGCAAAAAATAGCGATTGATACTGCCCGAGGTGAAACGGCTGAG
AGCAATAAACAGGATCTGCGTGAAACTTCCAGCCTGCTTAAAGGGCTGGT
TGCTGACTTTGGCGGTAACGCTCAACAGATGCTGCCGATTACTAATCAGC
TTGACCGAATCACTGGTGATGCCTCGGGTATTAACACGATTGCACAGGCG
CAGGATCGCACCCCAGAACATGTAAATACGTCCAGCGTAATGAGCGCTGA
TCGTGTTGCTGACGTGGGGCAAAGTATGGATGCTCAGGCAAAAGCCGGGC
TGGTACAAAACCAACAAAATGCTAACCAGCATGTTGGTGGACAAACTGAG
TCTGGTGTAACTCCGTACAATGTGGACAAGATCAGCAAAGAAGATATTCA
GGGCATTCATCAAGGTAATGTAAATAAATCCTATAGCGAAGAGAACCAGA
ATGTGCTCTCGTCATTGGAGAAGAATACCCCTGTTGTGACGAATGAAACT
GTGGGAAGAGTTCAGGGGGCTGGGGTGGACGTTCAGCACGCCAACCAAAC
TTTCGACCAGTTACAGGCTGGTTCGGGCGGTAAGCATGCGACTTCGGGCA
TGGGTACTATCAGCGACAAACTGAATAATATGTACGGAGATAACCAGATA
CGCGGTATATCAGGCAACCTCCCGAATTATTTTGGCAGGATTGCAAATGA
TCCTACCAAAAAGCCGGATGACAAACGTGCGGAACTGGCCGCACAAGCTG
TGTTTACCTATGGCGCCAGTACAATGGCAACCGGCGCTGAGAAAGAACAA
CTGAAAGCGGATACTCAAAATATCCTCTCCGAACTGAGTCACTATAACGT
TCGCTGGGGGATGAACGATCTCCAGAATATCCATGAAGGTTTCAACATGC
ATAACAAGGCTTCAGGTTCTCTTGACTCAGTTGTGAGGGCGAATCTTGGG
GAAGGTGGTTCTGGCGGCGGGCTCGTTGGGCAACGAACCCAAACCACGAC
GGATCTCCTTGTTGGTAATAAAATTGAGTCCAATACAGAACGTGGTGTTA
TTGGTAGTACGCTTTTATCGGGGCAGGAGAGTGTTGCCAGAGGACTTGAC
GTTATCGGAGCTAAACCTGTAAACGACATGCTCTCAGGTATGGGTATCCT
GACCACCCCTTCATCTTTGGCAAACGATGCTTCGAATCCACAAAATATGC
CGAGCTCGCTATTGGGCAAGGTTGGAAATCACCTGCAAATGTCAGATGGT
GTTAGCGAGGTGACCAGCAGGTATAAGGATATGGGGGGGGATGGGATCAA
GGCGTATGAGACTGCATCACAAAACTCAGAACGTGCGATTCGTCAGCAAC
TGACCGATGATCCACGTTTTGGGCCGGATAAAGCAGATGCATTCGTGAGC
TTTATGAAGTCAAACCTGAATAATACAAATGAACCATATCAGTCGAGAAT
TGAGAAAGCTAAAAGCTGGCTGAATGAAAATAAGAAGTAA
>gid:896534  HCM1.276  putative peptidase
ATGTTTAAACGTAATAATAAGAAGTCACCTGCCAATATCAAAGAATCGCT
TGATGAGAACGCTGACCGTTTCTATAAAATGTTCCGAATCCATACCACGT
CAAAAGTGGTTATTTCACTGCTGGCATTAGCCGCCGCAGGGGTTTCGGCC
TTTAATATTTACGATAAGTATCAGGAATCCGAAGGACGAATGGATCATAT
CGCCGTCGTGCGTATCTCGGGAGAAATGGGTACCGGTTCTGAGGTCGGCG
ATGGATCTGTGATAGCCACAGCACTGGCGAAAGCGTACAACAACCCACAT
GCCAAAGCCGTCATTATTGAAGCTGAGTCAGGTGGCGGCGGTCCTTCAGA
CGCGATTATTATTTACCGCCAGATTAATGCACTACGAAGCCACCAGCAGA
AGATTGAACGGGTTTCACATGCCGAATCCACAAGCAAGCCCCGTAACACG
AGTGATCACAGTGCTTCACGTTCGCAGGCCGATAGCAATGCCGAACTGTC
GAAACGTAATACGCTGGACGTTCTCTCCGCCGGGAGTGGGCATTTCATTT
CTGATATGGAAAACAGCTACAAGCCTATTATCGTCAGCGTCAAAGGAATT
TGTGCGTCAGCATGCTACTACGCTGTGTCCCCTGCTGACGCCATTTATGC
AGACAGTAGCGCTCTGACCGGTTCGATCGGTGTCCGAATGGATCACTGGA
ACCTGTCTCGCGTTATGGATACTGTCGGCGTTAAAAATGAGCCACTCACC
GCCGGGGAGTTTAAAGATGCACTCGACCCCTATCATCCACTTTCTGATGC
CACCCGCGATTTTATGCAGAAGCAAATCCTGGATGCAATGCACGAACAAT
TCATTGCGGACGTTGAGCAAGGCAGGGGTAAGAAATTATTAAGCCGTCCG
GAGGCTGATGCTGTCGCACTGTATTCCGGCAGGGTATGGACAACGCAGCA
GGCGATCCGGTACGGACTCATCGACGGTGACCTGACACCTGTCGAAGTCC
GTTCACGCCTGTCCCAAATGTACTCAACCACTATCTTCAAGACGTACAAC
GAGCCACAACGGTCGCTTCGCTCCGCGCTCGGGATGTTAATGAGTCTGTC
GACTAACGTCGAAACGCTGGCAGGAACAACCTCTCGGATACTTGATTCTG
TTCAGGCCACCAGCTATCCGACGGTGAGATAA
>gid:896133  trhC  plasmid transfer protein
ATGAGATCAGCTAACGTCTATAATAAAGAATTAAGCCGTCATCAGTTAGG
TGGATTTATTCCCGTGTATGATCAGATTCCGGGTACACATTATTTTCTAC
TTGACGGAAACCGACTCGGTTTTATGTTTATCTGTAGTCCGTCGCCCGGT
GTCTTTGATAATCAGCAGGATGTGTTAACTGAATTATTTAAAATGGACTT
CCCAACTGACACCATCTGTCAGACCTCATTAACTGCGCTGCCAGACTTGA
TCTTGCACTTAAGTGCCTGGTCTGCCGTTCGTGGTGGTCGAATGGAAGGT
CATGATAAGCTTAAGGGGGATTTACTCACTGCATATCAACTGGATTATTA
TGACCGAAGCCTGAATGAACCTTTGAAGCCGGACCACGATAAATTGATGC
TTCGAGATTTTCAGGTCTGGATTTCCTTTTCAATTCCATTGAAGTCAGCA
CTTCCTTCTGAAATAGAAAAGAGTCGCATTGATGCGCTTTACTCTGACTT
AATCAGTAAGTTGAATACAGTAGGCCTTTTCCCACACAAAGTTGGTGCTG
AAAATTGGCTTTATTGCATGGATAAGTTATTGCATCCGGGAAAAACATCG
CGTTGGTCTGAAGGTCATGTTGAAGCTAGCACCATGAGACGCCTAAACGA
GCAGATCAATGTACCGGGTCGAAAATATACAGTGACAGAGAATCATTTCT
CATCTACAACGCAGAGCAATGATATTTCTGAGCATCGTTATTTCAAACAA
TTATCAGTAGTGAAGTTTCCAGAATTTGTAAACTTTGGCTGCATGTATGA
ACTTGTAGTTAATTGGTTGAATGGACGTAAAACGATCTTTAGCCCTTTCA
TGATAACCCAGACTGTCCATTTCGCCGATCCTTTAAAATTATCAAGAGAA
AACGTCAGATATAAGGCAATTACTAACAAACAAGCCAGTATTCCAACAGT
TTTGACGTTTTGTCCAAGATTAAAGGATATGGATAATGATTACATGACGA
TAACACGCGAACTGGAAGATGGGGCTCGCCTCCTACACAGTTATCTGACA
TTTACTGTAATGGGGAATTCAGCAGTTGATGTTCAGTCTGCCGCAGACCA
GTTAAAATCATTTTATCTGGAAAGTCGTGTTAATGTTGCTGATGACTCGT
ACATAGTATTTCCCTCATTTGTTTCAAGCCTGCCGATGTGTAATGACCCA
AAGACAATACTAGAACTGGATCGTTTTGAGGTCGTGAGTAATACTGGTGC
TGCGCACATGACCCCCATATTTGGTCCTTGGAAAGGTAATACGGACAGAC
CCGTACTTAACCTTGTCTCACGAGAAGGACAGCTGTTGGGGCTGGATATC
TTCAAGACTTCTGCCAGCTATAACATGGTCGTTGGTGCAACGTCTGGTGC
TGGTAAATCATTCTGGGTCGCATACATCATTAATAATTATCTAGGCGCAG
GTCCGCGTTCTAATAATCTGATCCATTATCGAGATACTTTTGAGGGATTC
AAAAACAATTCTTATGATGCATTTGACCCTGATGGAGCCCAGATTTTCGT
AGTTGATGTCGGACGCTCATACCAAGGTATTTCGGAACAATATACTAATA
GTCAGTTTATAGACTTTGGGAAAAAGCCTGATTTTACGCTAAATCCATTC
GCATTTTTGACTGATGTGACTGTTGGAGAGCGTGTTTTTGATGAAGCACC
TGTCTTTAATGACGATTCAAATAATCATGATGATGATAAGGATAAAGTAG
CCCAGACCATTATGGTTCTAAACCAGTTAAAAATAATGGCATCTGAAAAA
GGAAATATTGACGATTTTCAACAATCGGTCATGCTGCAACTGATTAGTGA
AGAATATAACGAATCACGCAAAGTTGGACGTACAGGCTCTATTACTGGAT
TTGCGCGACGCTGTTCTAACCATGAAGATAAGCGTATTAAAGATATCGGT
GACCAGTTGGGGCAATGGTGTGAAGGAGGGATTTATGGGAATCGCTTTAC
AGAAAATCTCCCGCCAATAAATTTTGATAGCCGGTTTATTGTTCTGGAAC
TTGAAGAATTGAAGGGGACCCCACACCTTCAGACTGTCGTTCTGATGTCG
ATTATTCAGGCCGCTCAGCATGCAATGTTTATCAAGAAAGACGGACGCCG
CCGGTTGTTCATACTTGATGAGGCATGGGAGTATATCCGTCCGGACAATG
CTTCAGGTTCCAGTAATCATTCAAATCAATTTTTCTCCTCTTTCCTTGAG
GCCGCTTGGCGCCGATTCAGGAAAACGAACTGTGCCGGTATTTGTATTAC
TCAATCCTTTGAAGATTACTTCACCTCATCGGTTGGTCGCGCACTAACGG
CTAACTCGCCGTGGAAGATCATCATGAAGCAGGAAAAGGAAAGTATTGAA
GCCATGAAGGTGAACAACTACTTCTCCACAACTGATGCGGAATATGAGCG
TATGAAAAATATTCGAACGGTAAAGCGTGCATTTTCCGAGATGCTCGTAC
GATTCGAAAATTTCCAGGAGATATGTCGCCTCTATGTAGATAGAAAAATG
GAGCTTTGCTTTACGACTGACAGCACCGATCGTGGAAAACTATGGGAAAT
CCAAAGCCGACTTGATTGCTCTTACGGCGAAGCAATTGAGATTCTGTACG
AACAGGAAGTTGCGAGCAAATCAGCTGCCTGA
>gid:896173  trhF  putative pilin maturation protein
ATGAGAGAATACATACCTAAGAAGCGTGGTTTACTGAGTTTTGATTGGTA
CGTGCCAATAAATCTCGGAATCCTGATACTGGTTATGTTGATTTTTTTTA
ATCGATTTACGTTTGGTCATGGACTATTAAATGGATGTTTACCTGCTGAT
TTTTACATGATCGATCTGAAGGATAAATCGGTAAGTTCAGGGAATATCAT
AGCTTTTCATATGCCAAAATCAGTCCGTTTTATACGTGAAAATGAGAAGG
TTATTAAAATTGTGGCAGGAGTCGGCGGAGATCGCCTGAGGGTCACATTG
GATGGTGTTTATAATGGGAACAAATTTTATAAAGCCAATGCCAGACGTAT
TTCTGTGAAATACGGCATACCTGCCGAGACCATTGAAAGAGAATTAACTA
TTCCGGAAGGGGAGGTCTTTTTAATTGGGCAAACGGACCACTCATGGGAC
TCACGTTTTTGGGGGCCGGTTAAGTTGACTTCAGTTATTGGGAAAACATA
TGCGATCTTTTGA